Saison 6
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Le général Hammond prévient Carter que le X-302 est achevé. Peu de temps après Teal'c apprend que sa femme est mourrante et part la retrouver. Mais pendant son absence, la porte des étoiles de la Terre reste activée en permanence et risque d'exploser.
Anubis utilise une arme des Anciens pour détruire la Terre. La porte du SGC menace d'exploser et un plan est mis en place pour envoyer la porte loin de la Terre grâce au X-302. Pendant ce temps, Teal'c, Bra'tac et Rya'c tentent de détruire l'arme d'Anubis.
Le SGC a détecté un vaisseau mère Goa'uld en orbite de la Terre. Le vaisseau est sans défense et semble être inoffensif. Jacob, Carter, Davis, Friesen et O'Neill montent à bord pour en prendre le contrôle mais Friesen est retrouvé mort peu de temps après.
Episode 4: Prisonnière des Glaces
En Antarctique, des scientifiques cherchent sous la glace d'éventuels artefacts. Et ils découvrent une femme extrêmement bien conservée sous la glace. SG-1 et Fraiser se rendent sur place pour l'observer. Après l'avoir décongeler, elle revient à la vie.
Episode 5: L'Expérience Secrète
Dans une petite ville, un scientifique d'une société du nom de Immunitech disparait étrangement alors qu'il était au téléphone avec le Major Carter. Teal'c, Jonas et Carter partent sur place pour mener une enquête et découvrir ce qui se passe.
Kanan, le symbiote Tokra qui avait été implanté à O'Neill a tenté d'infiltrer une base secrète de Ba'al. Le Tokra est mort et O'Neill est retenu prisonnier par Ba'al qui le torture jusqu'à la mort et le réssucite grâce au sarcophage pour obtenir des informations.
Kelona est sur le point d'entrer en guerre avec les deux autres nations de la planète. Les keloniens demandent l'aide de la Terre pour avoir un avantage tactique. Un ancien professeur de Jonas propose au SGC d'aider la résistance pour renverser Kelona.
SG-1 se fait capturer intentionnellement par des jaffas pour obtenir des informations d'un Tokra. Mais deux scientifiques croient que SG-1 s'est vraiment fait capturer et tente de les sauver en utilisant les anneaux de transfert pour rejoindre le vaisseau.
Episode 9: L'Union fait la Force
Les Tokras se réfugient sur le site Alpha de la Terre. Mais les rebelles jaffas sont également sur la planète et très vite de fortes tensions naissent entre Tokras et Jaffas. La situation devient critique lorsque un tokra est retrouvé mort.
SG-1 visite la planète Pangar et les habitants leur propose de la trétonine: un produit qui guérit toutes les maladies en échange de renseignements sur la porte des étoiles. Mais Teal'c et Jonas découvrent que la tréonine est produite par des symbiotes Goa'uld.
Une journaliste mène une enquête sur le projet Prométhée et tente d'obtenir plus d'informations de Carter. Pour éviter d'ébruiter l'affaire, l'équipe de journaliste est autorisée à visiter le vaisseau Prométhée.
Les Asgards demandent l'aide de SG-1 qui est toujours à bord du Prométhée. O'Neill est son équipe doivent se rendre sur Halla et activer un générateur de dilatation temporelle pour piéger les réplicateurs sur la planète.
SG-1 revient de mission et ramène un appareil conçu par les Anciens. Jonas aperçoit une créature volante qui disparait en traversant un mur, mais Jonas est le seul qui l'ait vu. Mais peu de temps plus tard, d'autres personnes voient de nouvelles créatures.
Le colonel O'Neill est accusé d'avoir tué le sénateur Kinsey. Une vidéo montre le colonel O'Neill sortir de l'hotel d'où le coup de feu a été tiré et le fusil du meurtre a été retrouvé dans un lac près de sa maison. Le SGC tente de prouver son innocence.
Maybourne rend visite à O'Neill et lui propose un marché. En échange d'une amnistie présidentielle, Maybourne accepte de donner les coordonnées d'une planète où les Anciens auraient caché des armes mais il veut aussi venir en mission avec SG-1.
Le SGC découvre une planète où le peuple y habitant sert de cobaye à Nirrti qui tente de créer un hôte idéal. SG-1 et une équipe russe se rendent sur place pour capturer Nirrti et arrêter ses expériences.
Les Etats-Unis révèlent l'existence du programme Porte des étoiles aux gouvernements français, britannique et chinois. Le Major Davis explique alors toutes les menaces qui ont pesé sur la Terre depuis le début du programme aux différentes nations.
En exploration sur une planète, SG-1 découvre un vaisseau qui s'est écrasé. Ils découvrent des survivants du crash et acceptent de les aider à réparer leur vaisseau mais des créatures les attaquent.
Episode 19: La Porte des Rêves
Teal'c fait de nombreux cauchemars et il perd connaissance alors qu'il discutait avec le Major Carter. Dans les nombreux rêves de Teal'c, il fait partit d'une caserne de pompier avec le reste de SG-1.
Le Prométhée fait un vol d'essai et SG-1 est présente pour l'occasion. Le module de régulation d'énergie a grillé et le vaisseau reste coincé dans l'espace. Jonas propose de rejoindre P3X-744 qui est assez proche et qui possèderait une porte des étoiles.
SG-1 rend visite à des esclaves humains qui travaillent dans des mines de naquadah pour des Goa'ulds. Selon une prophétie, ils seraient ceux qui les libèront des faux-dieux. Pendant l'entretien avec les esclaves, Jonas perd connaissance.
Episode 22: Pacte avec le Diable
Anubis s'apprête à attaquer Abydos pour s'emparer de l'oeil de Râ. Daniel qui a fait son ascension prévient O'Neill des intentions d'Anubis et SG-1 se rend sur Abydos pour trouver l'oeil avant qu'Anubis ne mette la main dessus.
