Saison 4
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Alors que le docteur Weir est dans un état critique, la situation sur Atlantis est bien pire. Le faisceau réplicateur ayant endommagé les conduits principaux de la cité, les pertes d'énergie laissent peu de temps aux habitants d'Atlantis avant la désactivation du bouclier.
La cité est menacée, elle a besoin d'énergie avant que le bouclier ne cède. Sheppard, Ronon, McKay et Weir partent alors à bord d'un jumper vers la planète mère des réplicateurs pour leur voler un EPPZ qui sauverait Atlantis d'une mort certaine.
Ronon retrouve trois anciens compagnions de sa planète Sateda. Il hésite alors à quitter Atlantis pour se retrouver avec ses amis. Pendant ce temps, le changement de commandant s'effectue sur Atlantis. Le colonel Carter se retrouve alors à la tête de l'expédition.
Episode 4: Cauchemar sur Atlantis
Lors de l'exploration d'une forêt dense, le colonel Sheppard touche une forme de vie cristalline. De retour sur Atlantis, les personnes qui ont été en contact avec Sheppard sont victimes d'horribles cauchemars où le colonel est une présence négative.
Le colonel Sheppard se porte volontaire pour réapprovisionner une station de recherche. Mais lors de la mission, le jumper de Sheppard se fait tiré dessus, ce qui désactive tous les systèmes de l'appareil. Le colonel Sheppard est alors enlevé par un mystérieux vaisseau.
Après le retour d'une excursion sur le continent, des personnes se rendent à l'infirmerie en se plaignant de maux de tête et de vertiges. Mais l'épidémie devient plus sérieuse lorsque les malades sont victimes d'amnésie aigu à l'exeption de Teyla et Ronon.
Teyla et le Dr Keller se rendent sur la nouvelle Athos pour rendre visite aux Athosiens. Mais arrivé sur place, le village est étrangement calme. Après s'être aperçu de la disparition des Athosiens, Teyla et Keller se retrouve pourchassé par de terrifiants guerriers.
L'enquête sur la disparition des Athosiens n'avançant pas, Teyla propose de rencontrer un prophète pour savoir ce qui est arrivé à son peuple. Pendant ce temps, Woosley arrive sur Atlantis pour évaluer le colonel Carter et un certain Wraith voudrait rencontrer Sheppard.
Episode 9: Programmation mortelle
Sur Atlantis, l'équipe de scientifiques dirigée par le Dr McKay bloque sur le code des nanites réplicateurs. Rodney fait alors appel à sa soeur Jeanie pour l'aider. Mais peu de temps après, Jeanie se fait enlever dans la nuit par de mystérieux agresseurs.
Tout est calme sur la cité lorsqu'une sonde d'origine inconnue s'écrase sur Atlantis. McKay, Ronon, Teyla et Sheppard trouvent que l'attitude des personnes de l'expédition est étrange et découvrent qu'ils sont tous les quatre infectés par des nanites.
Les réplicateurs adoptent une stratégie consistant à détruire des mondes humains. Le Dédale et l'Apollo se réunissent alors pour détruire les vaisseaux réplicateurs pendant que le Dr McKay travaille sur le code nanite pour désactiver la commande d'attaque.
McKay détecte un signal similaire au Wraith avec lequel Atlantis avait collaboré. Sheppard, Ronon, McKay et Lorne partent alors explorer le vaisseau ruche d'où provient le signal. Le vaisseau est en fait inhabité et McKay découvre la position d'un laboratoire Wraith.
Une procédure de quarantaine de catégorie 5 se déclenche soudainement dans la cité. Toutes les personnes présentes sur Atlantis se retrouvent chacune confinée dans une partie de la cité en espérant que d'autres réussissent à les libérer.
Sheppard et McKay en visite sur une planète ami répondent à une requête du peuple. Ils doivent alors escorter une très jeune princesse jusqu'aux ruines pour accomplir son rituel et devenir la nouvelle reine. Mais ils découvrent qu'une étrange bête protège les ruines.
Sheppard apprend que son père est mort et se rend sur Terre pour son enterrement. Mais il apprend qu'un réplicateur humanoïde est en liberté sur Terre. Sheppard et Ronon se lance alors à sa poursuite avec l'aide d'Ava qui à aider à la conception du réplicateur.
Keller, McKay et Carter se retrouvent pris au piège dans une ancienne salle d'une base minière Genii. Mais la salle qui repose sur des supports instables menace de s'effondrer. La petite équipe devra recourir a son ingéniosité pour réussir à s'en sortir.
Episode 17: Infiltration Wraith
La station Midway est attaqué par les Wraiths qui veulent envahir la Terre. Teal'c et Ronon présents sur la sation tentent d'empêcher les Wraiths de parvenir à leurs fins pendant qu'Atlantis prépare une force d'intervention afin de déjouer l'invasion.
Lors de son sommeil Teyla a eut une vision de Kanan lui donnant une indication pour le retrouver lui et son peuple. Teyla se rend alors sur une planète et découvre enfin une piste avec un marchand possédant des bijoux athosiens.
Le Dr Beckett qui a été retrouvé dans une base de Michael est en fait un clone. A l'aide de celui-ci, Atlantis tente de retrouver Teyla qui a été enlevé, mais Beckett est victime d'une dégénérescence de ses cellules.
Après une recherche peu fructueuse de Teyla, le colonel Sheppard revient sur Atlantis. La cité est anormalement vide, toute l'expédition a disparue. Mais un hologramme de McKay lui apprend qu'il a voyagé 48 000 années dans le futur.
