Saison 3
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Episode 1: Menace sur la Terre
Le Dédale a survécu à la trahison des deux vaisseaux ruches. Mais les Wraiths se sont mis en route vers la Terre. Weir doit alors prendre toutes les décisions nécessaires pour les arrêter.
Après la victoire contre les Wraiths, l'expédition Atlantis se retrouve avec un vaisseau ruche ainsi que son équipage transformé en humain. Ils doivent ainsi déterminer ce qu'ils vont faire des anciens Wraiths des ruches.
L'équipe de Sheppard découvre un village prospère où les habitants mènent une vie tranquille. L'équipe rencontre alors Lucius, un homme que tout le monde semble apprécier particulièrement. Lucius propose alors des échanges commerciaux avec Atlantis.
Lors de la visite d'une planète, Ronon a un mauvais présentiment. L'équipe se fait attaquer par les habitants d'un village à la vue de Ronon. Après s'être fait capturé, Ronon est livré à un commandant Wraith.
L'équipe du colonel Sheppard accompagné du Dr Weir se rend sur une planète où habitent un peuple nommée les Asurans qui ont bâti une civilisation très similaire aux Anciens. L'expédition tentent alors d'établir des relations commerciales avec ce nouveau peuple.
A son réveil, le Dr Weir se retrouve à sa grande surprise dans un centre psychiatrique. Elle apprend que l'expédition Atlantis n'a jamais existé pas et que tout ce qu'elle a vécu en rapport avec le programme Stargate n'est que pure imagination de sa part.
Kolya, un ennemi Genii réussit à capturer le colonel Sheppard. Kolya contact alors Atlantis pour échanger Sheppard contre du C4 et des Jumpers et menace en cas de refus de nourrir un Wraith avec le précieux membre de l'expédition.
Episode 8: La Guerre des Génies
Jeanie Miller, la soeur de Rodney se rend sur Atlantis pour aider les scientifiques d'Atlantis sur un nouveau projet. Son talent en physique et en mathématiques permet de débloquer l'équipe scientifique pour créer un pont entre plusieurs univers.
Episode 9: La Machine Infernale
Lors de la visite d'une planète, l'équipe découvre un appareil d'origine Wraith. Mais l'engin provoque des hallucinations chez les personnes dans les environs. L'équipe se retrouve alors en danger.
Lors du test du pont intergalactique reliant Atlantis à la Terre, le Dédale capte la présence d'un objet en mouvement entre Pégase et la Voie Lactée. Le Dédale part en éclaireur pour identifier l'objet et l'équipage découvre qu'il s'agit d'un vaisseau des anciens.
Alors que les Anciens ont repris la cité, Woosley et O'Neill envoie un message à la Terre en informant que la cité est attaquée par les réplicateurs. Sheppard, Weir, Beckett et McKay retournent dans Pégase pour sauver Atlantis.
Episode 12: Le chant des baleines
Alors qu'un grand nombre de baleines s'approchent de la cité, les membres de l'expédition commencent à avoir des hallucinations. Ces visions mettent en scène des anciens au language très étrange.
La rumeur d'un homme invincible protégeant un village parvient jusqu'aux oreilles des habitants d'Atlantis. Le colonel Sheppard et son équipe se rend sur place et découvre qu'il ne s'agit que de Lucius.
Episode 14: Le péril de la sagesse
Alors que McKay examine une console de commande dans une section inexplorée de la cité, un rayon inconnu frappe Rodney. Mckay développe alors des pouvoirs impréssionnants, mais il est victime d'une suite de mutations qui pourraient le mener à la mort.
Episode 15: Les jeux sont faits
Le major Lorne découvre un peuple dont le drapeau est le portrait du Dr McKay. Sheppard et McKay s'aperçoient alors que le jeu de stratégie auquel ils jouaient, contrôle deux peuples d'une planète.
Une station située sur une lune est découverte par l'équipe du colonel Sheppard. La station apparemment vide se révèle en vérité abriter des milliers de vies enfermées dans un module.
Episode 17: Une question d'éthique
Alors que tous les occupants de la cité passent une rare journée de repos. L'agréable congé tourne au cauchemar lorsqu'une bombe explose en plein milieu de la cité. La sécurité d'Atlantis est alors sérieusement menacée.
L'expédition Atlantis découvre une station de forage au fond de l'océan permettant un apport d'énergie supplémentaire.Cependant l'équipe scientifique présente sur la station pour l'étudier se retrouve en grand danger lorsque la présence d'une reine wraith est détectée.
Episode 19: L'équilibre parfait
Un peuple ami avec l'expédition Atlantis ne donne plus de nouvelles. L'équipe de Sheppard part alors sur leur planète pour trouver la cause de leur silence et découvre à la place des villageois, de puissants hybrides créent par Michael.
Episode 20: Nom de Code : Horizon
Les réplicateurs bâtissent de nombreux vaisseaux. Face à cette menace, l'Apollo détruit les chantiers à l'aide d'une puissante bombe. Mais suite à cette attaque, les réplicateurs se défendent en envoyant un satellite qui menace la survie d'Atlantis.
