Saison 1
Choisir un épisode: 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20
Episode 1: Une nouvelle Ère 1/2
L'expédition Atlantis dirigé par le docteur Weir part découvrir la mystérieuse cité d'Atlantis dans la galaxie de pégase. Cependant en arrivant sur place, ils découvrent que la cité est sous l'eau.
Episode 2: Une nouvelle Ère 2/2
L'expédition découvre l'existence d'une race persécutant les humains depuis des millénaires: les Wraiths. Le colonel Sumner et d'autres sont alors enlevés par les Wraiths et le major Sheppard se lance dans une mission pour les sauver.
Le Dr McKay teste un bouclier individuel conçu par les Anciens mais peu de temps après il découvre qu'il ne peut plus le retirer. En même temps, une créature ressemblant à une ombre se balade dans la cité menaçant la vie des habitants.
Le jumper de l'équipe du major Sheppard revient vers Atlantis après une attaque de Wraiths. Malheuresement, le jumper se retrouve coincé dans la porte des étoiles et la vie du major Sheppard est d'autant plus menacée qu'une bête est accrochée à son cou.
L'équipe du major sheppard se fait attaquer de nombreuses fois par les Wraiths sur des planètes totalement différentes. L'équipe se demande alors comment les Wraiths les pistent. Les soupçons se dirigent alors vers les Athosiens.
Episode 6: La fin de l'Innocence
Lors de la visite de M7G-677, l'équipe d'Atlantis découvre un peuple se sacrifiant à l'âge de 25 ans pour faire cesser les attaques des Wraiths. Ce rituel étrange marche apparemment d'après les jeunes villageois.
Sur la planète Hoff, un peuple ayant subit de nombreuses attaques des Wraiths a su conservé des archives des différentes générations. L'équipe d'Atlantis apprend que des recherches ont été effectuées sur un sérum qui permettrait de s'immuniser contre les Wraiths.
L'équipe de Sheppard fait connaissance avec les Geniis un peuple apparemment fermier. Alors que les négociations pour les récoltes ont a peine commencées, Sheppard et Mckay découvre un bunker secret avec de grandes installations.
Lors de la visite de M5S-224 avec un épais brouillard, le Dr McKay découvre que la porte des étoiles tire son énergie de l'atmosphère de la planète. L'énergie tiré du brouillard serait suffisante pour rentrer sur Terre.
Episode 10: En Pleine Tempête 1/2
Atlantis découvre qu'une tempête d'une intensité impressionnante s'approche de la cité.Le Dr McKay met au point un plan permettant peut être de sauver la cité grâce à la foudre. Mais un groupe Geniis dirigé par le commandant Kolya prend le contrôle d'Atlantis.
Episode 11: En Pleine Tempête 2/2
Le Dr Weir et le Dr McKay tentent de réparer une station kéraunique pour sauver Atlantis de la tempête pendant que le Major Sheppard essaie de reprendre la cité aux Geniis.
Sheppard, McKay, Gaal et Abrams partent en jumper explorer un satellite des Anciens. Mais sur place, ils découvrent qu'un vaisseau Wraiths s'est écrasé et partent alors l'explorer.
L'équipe trouve un laboratoire de virulogie après avoir retrouvé les Dr Wagner et Johnson morts. Une quarantaine est alors immédiatement établit mais une grande partie de l'expédition est menacée.
Alors que le jumper de l'équipe de Sheppard est attaqué par des darths, une arme énergétique détruit les Wraiths depuis la surface de la planète. Sheppard et ses compagnons découvre alors que les habitants de la planète, ne sont pas attaqués par les Wraiths.
Sheppard, McKay, Teyla et Ford explorent la cité et trouvent un laboratoire avec une chambre de stase contenant une très vieille femme. Ils la réaniment et à leur grand surprise la femme agée de 10 000 ans, affirme être le Dr Weir.
Episode 16: La Communauté des Quinze
Sheppard et son équipe tente de trouver un eppz anciennement protégé par des moines. Avec l'aide d'Allina, ils retrouve la trace de l'eppz, mais leur ancien ennemi Koyla veut lui aussi s'emparer du générateur.
Trois vaisseaux ruches sont en route pour Atlantis. McKay propose d'établir un bref votrex vers la Terre, pour envoyer les données découvertes jusque là et des messages adressés aux proches des habitants de la cité.
Le Dr Weir et le Dr Beckett découvre que Teyla descend de personnes ayant été les sujets d'expériences menées par les Wraiths et que par conséquent elle possède de l'ADN de Wraith.
McKay et Grodin réparent le satellite de défense des Anciens pour résister aux vaisseaux ruches en route pour Atlantis. Alors que toute l'expédition se prépare à l'attaque, elle découvre qu'un Wraith est présent sur Atlantis.
Des renforts venus de la Terre arrivent pour défendre coûte que coûte Atlantis. La bataille fait rage et la supériorité des Wraiths se fait sentir. Le major Sheppard tente alors une mission kamikaze en utilisant un jumper transportant une bombe.
